ВИЧ, проникнув в организм, способен поражать многие типы клеток: CD4+-лимфоциты, моноциты, тканевые макрофаги, дендритные клетки лимфатических узлов, астроциты и олигодендроциты мозга, эпителиальные клетки кишки, клетки шейки матки. Основным способом попадания вируса внутрь клетки является проникновение через специфический рецептор. У лимфоцитов такой структурой является CD4. После проникновения вирусного генома в цитоплазму на матрице вирусной РНК с помощью обратной транскриптазы синтезируется комплементарная нить ДНК. Затем к образовавшейся однонитевой структуре ДНК с помощью того же фермента достраивается вторая нить ДНК, а линейная промежуточная форма ДНК транспортируется в ядро, где приобретает кольцевую форму, интегрируется с ДНК клетки, превращаясь в ДНК-провирус. С момента интеграции начинается латентная стадия инфекции, при этом транскрипции и трансляции с генов вируса нет. Подобно другим возбудителям медленных вирусных инфекций ВИЧ может длительное время находиться в организме человека в состоянии носительства, не вызывая клинических симптомов болезни.
Ключевым моментом патогенеза ВИЧ-инфекции является активация провируса. При этом активирующими факторами могут выступать различные антигены, цитокины, клеточные транскрипционные факторы, другие вещества. Процесс активации транскрипции и синтез вирусных белков-предшественников иногда принимает взрывообразный характер. Завершающим этапом морфогенеза ВИЧ является сборка вирусных частиц и выход их из клетки. Инфицированная клетка, в которой прошел цикл активной репликации вируса, подвергается прямой деструкции и цитолизу. Этот процесс, называемый еще цитонекрозом, есть один из основных феноменов цитопатогенного действия ВИЧ. Другими его компонентами являются образование синцитиев (в синцитий вовлекаются, с одной стороны, клетки, инфицированные ВИЧ и экспрессирующие на наружной мембране вирусные белки gр20 и gр41, и, с другой, – клетки, необязательно инфицированные ВИЧ, но имеющие на наружной мембране молекулы CD4), патогенные эффекты отдельных вирусных белков на клетки и органы (gр20, секретируемого во внеклеточную среду в растворимом виде), хроническая инфекция клеток без скорого их цитолиза (моноциты/макрофаги, клетки ЦНС, эпителиоциты кишечника).
В развитии заболевания и ее клинической манифестации основную роль играет иммунная система. Постепенное уменьшение в организме количества Т-лимфоцитов хелперов, снижение функциональной активности Т-лимфоцитов и НК-клеток, моноцитарно-макрофагальных клеток, развивающаяся иммунодепрессия приводят к развитию тяжелых оппортунистических инфекций и опухолей. Уменьшение СD4+ Т-клеток ведет к недостаточности всех видов Т-зависимого иммунитета. При СПИДе вирусом инфицировано не более 1% всех Т-клеток, которые гибнут в результате прямого цитолитического действия вируса. Полагают, что основная часть инфицированных клеток погибает вследствие развития аутоиммунной реакции и дисбаланса в цитокиновой сети, которые способны приводить к апоптозу. Наблюдается относительное повышение продукции ИЛ-4, ИЛ-10, вырабатываемых Тн2-клетками, и снижение продукции ИЛ-2, ИНФ?, секретируемых Тн1-клетками.
У больных с ВИЧ-инфекцией наблюдается выработка антивирусных антител. В основном они направлены против поверхностных вирусных антигенов, которые проявляют высокую изменчивость. Какую-то часть свободных вирусных частиц они нейтрализуют, но не останавливают прогрессию инфекционного процесса. Поликлональная активация В-лимфоцитов приводит к повышению общего содержания иммуноглобулинов и циркулирующих иммунных комплексов. По неизвестным причинам комплемент не инактивирует вирус в комплексе с антителами. В составе иммунных комплексов вирусные частицы могут транспортироваться в ткани и инфицировать чувствительные клетки. Установлено, что цитотоксические Т-лимфоциты, НК-клетки оказывают литическое действие на ВИЧ-инфицированные клетки. Но, как оказалось, их потенциала недостаточно для полной элиминации вируса. Кроме того, этот процесс затрудняет сверхвысокая антигенная изменчивость вируса, а также его способность оказывать иммуносупрессивное действие на иммунокомпетентные клетки, подавлять экспрессию молекул гистосовместимости 1 и 2 класса.