В настоящее время известно множество факторов, способных нейтрализовать действие цитокинов. Ингибирующие эффекты, как правило, связаны либо с блокированием цитокинового рецептора, либо со связыванием цитокина и его инактивированием. Примером первого механизма является блокирование рецептора ИЛ-1 белком м.м.17 кD, вырабатываемого активированными моноцитами, получившего название «антагонист рецептора ИЛ-1» (αИЛ-1-Р). Его связывание с рецептором препятствует взаимодействию последнего с ИЛ-1.
В кровотоке и внеклеточной жидкости обнаружены молекулы, способные связываться с цитокинами и препятствовать их взаимодействию с собственными рецепторами. Детальный анализ показал, что они в основном представляют собой экстрацеллюлярные сегменты цитокиновых рецепторов клеток. Сейчас в растворимой форме обнаружены рецепторы ИЛ-2, ИЛ-8, ИЛ-7, ИНФγ, ФНОα, ФНОβ. Описан также антагонист ИЛ-1-уромодилин, который при взаимодействии с цитокином способен его инактивировать. Известно, что повышенное количество растворимых форм отдельных рецепторов наблюдается при хронических воспалительных заболеваниях, аутоиммунной патологии, отторжении трансплантата, СПИДе.
Обнаружено, что часть цитокин-связывающих белков-инактиваторов способна кодировать вирусы. Например, poxviruses кодируют белки, связывающие ФНО и ИЛ-1, leporipoxvirus кодирует растворимые формы ИНФγ-подобных рецепторов. Цитомегаловирус кодирует рецептор-подобные молекулы хемокинов, способные связывать растворимые формы RANTES, MCP-1, MIP-1a. Некоторые вирусы продуцируют цитокин-подобные молекулы, через которые модифицируют иммунные реакции. Например, вирус Эпштейн-Барра кодирует молекулы с активностью ИЛ-10, которые, связываясь с рецепторами Т-клеток, подавляют Тн1 тип иммунных реакций, которые являются ведущими в противовирусном иммунитете.