В тимусе параллельно с процессом созревания Т-клеток происходит отбор клоноспецифических лимфоцитов, способных распознавать собственные молекулы ГКГ. Следует помнить, что только в комплексе с этими антигенами Т-лимфоциты распознают чужеродные пептиды. Отбор таких клонов происходит благодаря включению в процесс механизма положительной селекции клеток. Так, среди множества клонов, формирующихся в тимусе, появляются такие, которые несут рецепторы к собственным молекулам I и ІІ класса ГКГ и клоны, не обладающие такими рецепторами. Тимоциты, несущие рецепторы к АГ – ГКГ, в результате взаимодействия с соответствующими молекулами, которые обильно экспрессированы на эпителиоцитах и макрофагах тимуса, получают активационный импульс для своей дальнейшей дифференцировки, а тимоциты, не обладающие этим типом рецептора, не получая такого сигнала, подвергаются апоптозу и погибают в тимусе. В ходе этого процесса клетки, распознавшие молекулу ГКГ класса I, теряют СD4 и сохраняют CD8, а клетки, распознавшие ГКГ класса II, сохраняют CD4 и теряют CD8. Таким образом, в тимусе формируется две субпопуляции Т-лимфоцитов.
В процессе развития в тимусе происходит элиминация Т-клеток, способных взаимодействовать с АГ собственных тканей. В данном случае включаются механизмы отрицательной селекции клеток. Тимоциты, несущие рецепторы, способные распознавать собственные антигены в комплексе с молекулами ГКГ, в результате взаимодействия с ними подвергаются апоптозу, что приводит к элиминации соответствующего клона аутореактивных Т-лимфоцитов.
Ежедневно в тимусе вырабатывается порядка 30 × 107 – 47 × 107 клеток. Большая часть из них (95%) гибнет в органе, и только небольшое количество клеток продолжает своё дальнейшее развитие.
Клетки, прошедшие полную программу развития в тимусе и выдержавшие условия отбора на специфичность, покидают орган и мигрируют в периферическую лимфоидную ткань.
В итоге, в тимусе продуцируются две категории наивных антигенреактивных клеток: Т-лимфоциты воспаления/хелперы (CD4+, Т H0) (которые на периферии под влиянием АГ трансформируются в Т-лимфоциты хелперы гуморального иммунитета (Т H2) и Т-хелперы клеточного иммунитета (Т H1) и Т-цитотоксические лимфоциты (CD8+ ).