Иммунная система слизистых оболочек формирует защитный барьер, предохраняющий организм человека от болезнетворного воздействия патогенной и условно-патогенной микрофлоры. Защитные реакции, развиваемые иммунной системой слизистых, в норме протекают на фоне минимальной воспалительной реакции и не сопровождаются повреждением окружающих тканей. Это достигается, главным образом, благодаря преимущественной секреции иммунокомпетентными клетками IgA, который способен нейтрализовать патоген и разрушать иммунные комплексы без привлечения комплемента. Следует отметить, что иммунокомпетентные клетки слизистых тесно взаимодействуют с эпителиоцитами, нервными, мышечными и стромальными клетками. Нарушения в системе этих взаимодействий ведут, как правило, к развитию иммуновоспалительных реакций или атрофическим процессам в слизистой. В свою очередь, развитие хронической воспалительной реакции способно приводить к нарушению функционирования иммунной системы слизистых и нарушению местного гомеостаза.
Иммунная система слизистых представлена регионарными лимфатическими узлами (в кишечнике – это брыжеечные лимфатические узлы), миндалинами глоточного лимфоидного кольца, лимфоидными (пейеровыми) бляшками кишечника, многочисленными лимфоидными узелками, расположенными в слизистых оболочках, диффузной лимфоидной тканью, а также лимфоидными клетками собственной пластинки (Lamina propria) и межэпителиальными лимфоцитами.